因国家、地方财力有限、财政无力短时间支付数以万亿元计的公路建设投资，国家在1985年开征车辆购置附加费，作为公路建设基金的基础上，又于1986年７月始，直接开征公路建设基金。客运按旅客乘坐里程票价外，每人公里征收人民币0.3分，计入票价；1988年7月始，客运在原来已按客票里程每人公里征收人民币三厘的基础上增加七厘(即每人公里征收一分)，起征点五分，尾数五分制，由经营者在发售客票时向旅客代收。货运按货票里程每吨公里征收人民币一分，起征点五分，由经营者在承运、签发货票的同时向托运单位、货主代收；1993年始每人(吨)公里由0．01元调整到每人(吨)公里0．02元；1997年1月18日起调整到每人(吨)公里0.025元。直至费改税的2008年取消。

公建金在征收过程中，因按每人(吨)公里计征，就碰到了养路费按营收计征时一样的问题。于是照葫芦画瓢，随后改成按车辆计征，其中客车是按座计征，经不断调整，最后每座每月为80元。因向旅客代征的每人公里0.025元不变，乘客旺的客运班车就有了差额收益。按保守算，以客座每月29天(工作率)，月行驶8700公里(车日行程300公里)，座位利用率50％(实载率)计，为4350个人公里，即代征108.75元，收益每座28.75元。当然，那些承担社会责任或新开发线路，实载率偏底的班线是要亏的！

问题的关键，一是公建金征收后是专门用于筑路，特别是高速公路，高等级公路的建设，然这类公路均是收费之路，而过路费又摊入客运票价，计入货运运价内，这就是重复收费，加重了民众的负担。二是专用的公建金没有全部用在公路建设之上。因在征收过程中，按“确定基数，定比递增，超收分成，定向使用”的办法执行。故层层剥皮，违规截留、挪用、私分现象相当严重。审计查出挪用资金的主要去向是投资证券市场、购买国债、投资楼堂馆所、违规出借建设资金、用于机关行政经费开支、发放奖金、设立“小金库”等。在审计中还发现，一些地方财政、交通部门及建设单位滞留、闲置中央公路建设资金，公路项目概算审批不严，高速公路服务区建设标准过高，以及公路经营权(过路收费权)转让管理不规范等问题。